L'environnement est un domaine qui gagne de plus en plus d'importance et qui préoccupe le grand public. L'agriculture contribue de manière importante à l'entretien du paysage et elle est consciente de son rôle clef dans la sauvegarde des milieux naturels. La FRI développe des projets et accompagne des initiatives qui se penchent sur ces questions .
La mise en réseau des surfaces de promotion de la biodiversité se développe. Elle permet d'organiser ses surfaces sur un réseau d'exploitations agricoles et ainsi de mieux contribuer à la sauvegarde des espèces menacées. La FRI est impliquée dans plusieurs projets de mise en réseau écologique.
Le maintien et la sauvegarde des vergers traditionnels à haute tige fait l'objet d'un projet d'envergure, qui est conduit en étroite collaboration avec les milieux agricoles. Les vergers à haute tige font partie du paysage rural jurassien, mais ils sont menacés et leur sauvegarde passe par la valorisation de ce patrimoine.
Nous participons à des groupes de travail qui s'intéresse à des thèmes d'actualité tel que la progression des plantes néophytes ou encore la sauvegarde de la Chevêche d'Athéna.