La FRI est gérée par un conseil de douze membres, composé à parts égales de représentants du Canton de Berne, de la République et Canton du Jura, de la Chambre d’agriculture du Jura bernois (CAJB) et de la Chambre jurassienne d’agriculture (AgriJura), ainsi que par une direction générale désignée par le Conseil de fondation. La FRI déploie ses activités à partir des sites de Courtemelon et Loveresse.